我也經常遇到這樣的問題，解決方法如下：
1、可通過某些軟件修改，進行Z軸歸零；
2、自己手動的辦法：

1.將畫面ctrl+a全選
2.使用移動(m_)命令,輸入第一點位置0,0,0 確定,然后輸入第二點位置
0,0,1e99(是數字一英語字母E和數字九九)確定
3.將畫面ctrl+a全選
4.使用移動(m_)命令,輸入第一點位置0,0,1e99 確定,然后輸入第二點位置0,0,-1e99確定
5.使用移動(m_)命令,輸入第一點位置0,0,-1e99 確定,然后輸入第二點位置 0,0,0確定

手動辦法我自己實踐過，切實有效。